2000-е годы можно смело назвать периодом динамичного развития СибАДИ. Модернизация коснулась всех приоритетных сфер развития страны, в том числе и образования. Получив статус академии, вуз смог должным образом отреагировать на происходящие в стране изменения и удовлетворять потребности региона в востребованных инженерных кадрах высокой категории, способных быть конкурентоспособными. В этот период в вузе открыли целый перечень новых специальностей и специализаций, а в 2001 г. был открыт факультет «Информационные системы в управлении». С 2008 г. в образовательном процессе в полном объёме внедрён интегрированный программный комплекс управления учебным процессом "АСУ-вуз", включающий базы: учебных планов, сведений по студенческому составу, электронное расписание, ведомости, расчет нагрузки, документацию кафедр. Программный комплекс АСУ-ВУЗ, позволил автоматизировать процесс управления учебной и методической деятельностью вуза.